Lutherove reformačné myšlienky prenikli na Liptov už v prvej polovici 16. storočia. V Liptove sa k tomuto novému reformačnému učeniu pridalo až 40 zborov, vrátane zboru v Liptovskom Ondreji, kde pôsobili viacerí evanjelickí farári a pôvodne katolícky kostol svätého Ondreja z 13. storočia začali v tomto období využívať protestanti.
Po niekoľko sto rokov trvajúcom krutom prenasledovaní evanjelikov sa znížil celkový počet veriacich a zanikol aj zbor v Liptovskom Ondreji. Evanjelici z obcí Liptovský Ondrej, Konská a Jakubovany boli preto priradení najskôr k zboru v Paludzi (jednému z dvoch zachovaných artikulárnych zborov na Liptove) a neskôr sa stali súčasťou zborov v Liptovskom Jáne a Liptovskom Petre.
Kvôli veľkej vzdialenosti fílií k matkocirkvám sa evanjelici na prelome 19. a 20. storočia rozhodli postaviť si svoj kostol v Liptovskom Ondreji, ktorý bol dokončený v roku 1904. Spolu s kostolom bola postavená aj budova evanjelickej školy spolu s bytom pre učiteľa (dnes táto budova slúži ako zborový dom evanjelickej cirkvi). Počas prvej svetovej vojny boli na základe nariadenia vlády zrekvírované obidva zvony z veže kostola. Nové zvony boli do veže osadené až po skončení druhej svetovej vojny. V tomto období sa zároveň ukázala aj veľká potreba vzniku nových cirkevných zborov na Liptove, pričom zo zápisnice zo seniorálneho konventu z roku 1947 sa dozvedáme, že táto potreba bola najväčšia práve v tzv. Filištínskej doline. Zbor, ktorý by tu vznikol by mohol mať okolo 1300 duší a tvorili by ho veriaci z obcí Liptovský Ondrej, Konská a Jakubovany.
O osamostatnení cirkevného zboru v Liptovskom Ondreji rokoval seniorálny konvent v roku 1948. Na tomto konvente bol návrh na osamostatnenie zboru schválený:
„V takzvanej Filištínskej doline chcú sa zlúčiť v samostatný zbor dve odľahlé fílie zboru svätojánskeho, Sv. Ondrej a Konská a dcérocirkevný zbor svätopeterskej cirkvi, Jakubovany. I jeden i druhý matkocirkevný zbor vypúšťa tieto fílie zo svojho zväzku. Sídlo zboru by bolo Sv. Ondrej, kde za dávnych čias bola samostatná cirkev.“
Odčlenenie zboru sa fyzicky uskutočnilo v roku 1949 a pozostával z matkocirkvy v Liptovskom Ondreji a fílií v Jakubovanoch a v Konskej. V roku 1950 mal zbor 985 duší a za prvého kňaza zboru bol zvolený rodák z Liptovskej Sielnice - Ladislav Sokol.
Farári v zbore:
1949 – 1959 Ladislav Sokol
1962 – 1975 Ján Klen
1975 – 1988 Svetozár Mosný
1991 – Katarína Hudáková
K 31.12.2018 cirkevný zbor počíta 709 členov a služby Božie sa pravidelne konajú v kostole v Liptovskom Ondreji a v modlitebniach v Jakubovanoch a v Konskej.